6月16日0—24时，31个省（自治州、市辖区）和新疆兵团汇报增加诊断病案44例，在其中海外键入病案11例（甘肃省10例，四川1例），当地病案33例（北京市31例，河北省1例，浙江省1例）；无增加死亡病例；增加密切接触3例，均为当地病案（均北京）。
当天增加痊愈住院病案2例，消除密切接触的密切接触者116人，危重症病案提升2例。
海外键入目前诊断病案102例（无危重症病案），目前密切接触2例。总计诊断病案1856例，总计痊愈住院病案1754例，无死亡病例。
截止6月16日24时，据31个省（自治州、市辖区）和新疆兵团汇报，目前诊断病案252例（在其中危重症病案7例），总计痊愈住院病案78379例，总计死亡病例4634例，总计汇报诊断病案83265例，目前密切接触7例。总计跟踪到密切接触者754269人，尚在密切接触的密切接触者468三人。
31个省（自治州、市辖区）和新疆兵团汇报增加没有症状的病毒感染者11例（海外键入4例）；当天变为诊断病案6例（海外键入1例）；当天消除密切接触9例（海外键入4例）；尚在密切接触没有症状的病毒感染者106例（海外键入62例）。
总计接到港澳地区通告诊断病案1602例。在其中，香港特区1112例（住院1069例，身亡4例），澳门特区45例（住院45例），台湾省445例（住院433例，身亡7例）。