条例修正草案进一步明确了相关部门职责，规定市住房建设行政主管部门负责本市城市轨道交通建设的监督管理及相关工作。市交通运输主管部门负责本市城市轨道交通运营的监督管理。公安机关负责城市轨道交通区域的治安巡逻查控工作，监督指导运营单位做好进站安检、治安防范和突发事件先期处置工作。消防救援机构负责对城市轨道交通的消防工作实施监督管理。

条例修正草案同时明确了轨道交通建设、运营单位日常巡查权，规定城市轨道交通建设、运营单位应开展控制保护区的日常巡查，发现危及城市轨道交通安全的情形时，有权予以制止，要求相关责任单位或个人采取措施消除妨害，并报告住建、交通、城管、应急等部门以及相关区县人民政府、开发区管理委员会处理。开展控制保护区日常巡查工作需要相关单位和个人配合的，相关单位或个人应予以配合。同时规定，城市轨道交通建设、运营单位发现地下管线可能影响城市轨道交通安全，需查看有关地下管线情况的，有关地下管线的所有权人、使用权人应予以配合。

为进一步明确城市轨道交通运营单位执法主体地位，规定运营单位依照本条例的授权，实施行政处罚。运营单位应确定专门机构负责行政执法工作，配备熟悉有关法律、法规、规章和业务的工作人员，加强对人员的教育和培训。运营单位执法人员应按照有关规定取得行政执法证件，规范执法，文明执法。

条例修正草案新增条款还规定，市交通运输主管部门应制定城市轨道交通运营服务规范及乘客守则，对城市轨道交通运营活动进行监督检查。运营单位应在车站醒目位置公示禁止、限制携带物品目录。

市交通运输主管部门和城市轨道交通运营单位应分别建立投诉受理制度，受理乘客投诉。市交通运输主管部门和城市轨道交通运营单位应自受理投诉之日起七个工作日内作出答复。鼓励城市轨道交通运营单位依法设立城市轨道交通运营领域人民调解组织，及时化解乘客之间、乘客与运营管理人员之间的矛盾纠纷。

住建、交通、公安、应急等部门和消防救援机构应对城市轨道交通建设、运营安全进行监督检查，发现安全隐患的，应责令建设、运营单位采取措施消除安全隐患。城市轨道交通沿线的区县人民政府、开发区管理委员会应建立健全应急指挥体系，制定相应的突发事件应急预案，并配合属地车站做好突发事件处置工作。